経営問題・労使問題
1970年代までの、規制による保護がされていた時代の労働側（とりわけ乗員組合）の既得権が尾を引いているのか、鉄道等の他の交通機関と異なり、2006年時点でも労使問題がこじれ、ストライキに突入することが多い。職種等によって組合が分立しているのも、他の業界にはあまり見られないことである。円滑な労使関係の維持確保は日本の航空会社にとって重要な経営問題の一つとなっている。
1997年以降の規制緩和によるコスト削減が影響しているのか、老舗日本航空における経営陣の対立、整備ミス、運航ミスなどが相次いで明らかになっており、国土交通省が何度も検査や注意を行っている。一方、新興のスカイマークにおいても、整備士などの大量退職などで整備ミスなどが何度も発覚し、国土交通省が監査を行っている。
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新幹線、航空会社間同士のとの競合
国内では東京と他の大都市とを結ぶ新幹線との競合が長年の課題であり、近年では東海道新幹線の品川駅開業など、競合する路線との競争がますます激しくなっている。
歴史的に見ると、羽田?東北方面はほとんどの路線で撤退（羽田-仙台等）や縮小（羽田-秋田・山形等）に追い込まれた。残る羽田?大阪、広島、福岡などの西日本方面については、激しい旅客争奪戦を演じている。